魚類是地球上數量最多、形態最豐富的脊椎動物類群，約占現生脊椎動物物種總數的一半，約30,000余種。它們廣泛分布于從深海到高原湖泊的各類水域，展現出卓越的生態適應能力和驚人的演化多樣性。
盡管在過去20年中魚類基因組學取得了顯著進展，但不同類群間的基因組數據仍不均衡，缺乏覆蓋全部真骨魚目的系統性比較資源。這一缺口嚴重制約了人們從基因組層面系統揭示魚類演化規律及關鍵性狀形成機制的深入研究。
11月6日，中國科學院水生生物研究所何舜平研究員團隊在The Innovation期刊發布了“萬種魚類基因組計劃（Fish10K）”首期研究成果。研究團隊通過從頭測序并整合分析464種真骨魚類全基因組，構建了迄今為止覆蓋度最全的魚類基因組圖譜，為解析魚類演化歷程提供了前所未有的分辨率。
.基于全基因組序列的464個物種的系統進化關系。水生所供圖
團隊成功完成了110個新魚類物種的高質量基因組組裝，首次補齊了3個長期缺失魚類基因組數據的目級分類單元，并整合已有基因組，建立了覆蓋真骨魚類全部44個目、總計464個物種的全基因組比對矩陣。
這項資源不僅在數量上超越以往魚類基因組學研究，更在解析精度上與哺乳類和鳥類的大規?；蚪M計劃相媲美，是迄今為止規模最大、覆蓋度最完整的魚類基因組資源。
研究發現，在輻鰭魚類演化過程中，基因組呈現出逐步壓縮的趨勢，尤其是內含子顯著縮短，而外顯子長度保持穩定。首次在真骨魚類中鑒定了近3萬條真骨魚類高保守元件（THCEs），其中1,689條為真骨魚類所特有的Teleost-Specific HCEs（TSHCEs），這些元件與腦、鰭、心臟和鰓等關鍵器官發育相關，提示它們在真骨魚類形態創新中發揮了調控作用。
該研究通過Fish10K項目建立了目前全球最大規模的魚類基因組資源，系統解析了真骨魚類基因組結構特征、轉座子動態、保守與創新元件、系統發育關系及演化速率，揭示了基因組復制與轉座子活動在推動魚類適應性演化中的核心作用。該成果為深入理解脊椎動物基因組演化規律、性狀起源與生態適應機制奠定了堅實的數據基礎。
論文鏈接：https://www.cell.com/the-innovation/fulltext/S2666-6758(25)00380-7
本文鏈接：“萬種魚類基因組計劃”首期研究成果發布http://www.sq15.cn/show-11-27980-0.html
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