中國科學院上海藥物研究所柳紅團隊與上海科技大學、清華大學、中國科學院武漢病毒研究所、重慶醫科大學等的科研人員合作，在國際上首次闡明了猴痘病毒核心蛋白酶（CorePro）三維結構，揭示了核心蛋白酶底物識別與催化的分子機制，通過基于結構的藥物設計策略發現了具有高效酶抑制活性和廣譜抗正痘病毒活性（猴痘病毒和痘苗病毒）的先導化合物，并闡明了其微觀作用機制。這一研究證實了正痘病毒的核心蛋白酶是全新的廣譜抗病毒藥物靶標，為靶向核心蛋白酶開發廣譜高效抗正痘病毒藥物提供了重要的結構基礎和良好的先導化合物。
猴痘病毒屬于正痘病毒屬，該屬還包含天花病毒、痘苗病毒和牛痘病毒3種已知的人畜共患病毒。歷史上，人類與天花病毒斗爭近千年，曾有數億人因天花病毒感染死亡。當前，尚無具有明確療效的抗猴痘病毒藥物。因此，發現和確證抗猴痘病毒新靶標，開發結構新穎、低毒高效且具有自主知識產權的抗猴痘病毒藥物具有重要意義。
正痘病毒是包膜的雙鏈DNA病毒，復制過程中會編碼高度保守的核心蛋白酶，核心蛋白酶通過水解核心蛋白前體驅動感染性成熟顆粒形成，在正痘病毒生命周期中發揮作用。因此，闡明正痘病毒三維結構和底物識別機制，并基于此開展先導化合物的發現研究具有重要意義。
該研究解析了猴痘病毒核心蛋白酶的高分辨率三維結構。核心蛋白酶為二聚體，每個單體可分為N端結構域NTD、催化結構域CD和C端結構域CTD。活性中心位于催化結構域，包含一個特征的催化三聯體Cys328-His241-Asp258。研究通過高通量篩選策略發現，泛半胱氨酸蛋白酶抑制劑E64d具有潛在的核心蛋白酶抑制效果和抗猴痘病毒活性，但活性較弱。猴痘病毒核心蛋白酶與E64d的復合物結構解析發現，其與活性中心附近一個非催化Cys237殘基發生共價結合，未能完全占據底物結合口袋。
為開發更強效的猴痘病毒核心蛋白酶抑制劑，該研究開展了猴痘病毒核心蛋白酶底物識別和催化機制的工作。基于核心蛋白酶天然底物P25K序列，研究利用醛基替換切割斷裂的酰胺鍵設計了底物類似物I-G18，以期與催化中心Cys328共價結合，模擬催化中間體的結構特征。研究通過冷凍電鏡技術，解析了CorePro-I-G18復合物結構。與apo結構相比，在底物的誘導下，核心蛋白酶活性中心發生一系列構象變化，暴露出催化活性中心，完成底物水解。S1和S2口袋形成特征性的狹長空腔，僅可容納Gly和Ala等側鏈尺寸較小的氨基酸殘基，解釋了正痘病毒核心蛋白酶Ala-Gly序列識別專一性。
以核心蛋白酶的底物識別機制為基礎，該研究利用基于結構的藥物設計策略設計合成了擬肽類抑制劑A1-A6，引入P1-P5片段分別占據核心蛋白酶S1-S5底物結合口袋，同時在P1位置連接親電彈頭warhead與催化中心Cys328殘基共價結合。活性測試發現，A2-A6具有高效的猴痘病毒核心蛋白酶抑制活性，其中化合物A3活性最優，IC50達到44.9 nM，較底物衍生的九肽醛I-G18提高7倍。進一步，為闡明酶抑制活性的差異，研究解析了A1、A3和A4與核心蛋白酶的復合物結構。結果顯示，3個化合物均可與催化中心的Cys328殘基共價結合，并能夠較好地占據底物結合口袋，其中A3的P4片段F原子能夠與Asp194殘基形成額外氫鍵相互作用，揭示了A3酶抑制活性更優的原因。抗病毒活性測試發現，化合物A3-A6具備較強的抗猴痘病毒活性和抗痘苗病毒活性，具有廣譜性；同時表現出良好的安全性，CC50均大于200 μM。相較于九肽醛I-G18，擬肽類化合物的抗病毒活性提升。研究表明，A3-A6是良好的先導化合物，有望通過進一步成藥性結構優化開發出廣譜抗正痘病毒藥物。
4月22日，相關研究成果以加速預覽形式發表在《自然》（Nature）上。研究工作得到教育部學科突破先導項目、國家自然科學基金、中國科學院戰略性先導科技專項及上海市相關項目等的支持。
論文鏈接
核心蛋白酶抑制劑的設計發現與作用模式研究
本文鏈接：科學家發現猴痘病毒關鍵抑制劑http://www.sq15.cn/show-12-1052-0.html
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