近日,中國科學院計算機網絡信息中心科研人員借助“東方”超級計算系統,提出了基于Transformer的乳腺癌病理圖像HRD預測方法——SuRe-Transformer。
該方法解決了將Transformer應用于病理圖像分析時存在的三個問題。一是通過徑向衰減稀疏自注意力增強關鍵區域Patch的多樣性選擇;二是使用簇大小加權采樣策略提升特征區域的代表性捕獲能力;三是引入無監督對比學習方法優化病理圖像特征嵌入質量。實驗表明,SuRe-Transformer在多個獨立測試集上的HRD預測性能優于現有主流方法。SuRe-Transformer具有很強的通用性,在TP53、PIK3CA和MAP3K1等多個基因突變預測任務中AUC均超過0.844。
相關研究成果被《npj-腫瘤精準醫療》(npj Precision Oncology)錄用。研究工作得到國家自然科學基金和中國科學院戰略性先導科技專項(B類)的支持。
SuRe-Transformer架構圖
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