新生兒甲狀腺異常是否嚴重需結合具體類型判斷，多數情況下通過早期篩查和規范治療可有效控制，但未及時干預可能導致智力發育遲緩等嚴重后果。
新生兒甲狀腺異常主要包括先天性甲狀腺功能減退癥和暫時性甲狀腺功能異常兩類。先天性甲狀腺功能減退癥若未在出生后1-2個月內開始甲狀腺激素替代治療，可能造成不可逆的神經系統損害，表現為運動發育滯后、智力低下、身材矮小等。暫時性甲狀腺異常多與母體抗體或碘攝入異常相關，通常在3-6個月內自行恢復，但仍需定期監測甲狀腺功能變化。
部分罕見病例可能出現甲狀腺發育不全或異位甲狀腺，這類情況需要終身服藥維持。極少數新生兒甲狀腺毒癥病例可能出現心動過速、體重不增等危象表現，需立即住院治療。新生兒甲狀腺癌雖然發生率極低，但具有侵襲性強的特征，需通過手術和放射性碘治療。
所有新生兒出生后均需進行足跟血篩查，確診異常者應每2-4周復查甲狀腺功能直至穩定。哺乳期母親需保持適量碘攝入，避免使用影響甲狀腺功能的藥物。家長應定期監測患兒身高體重曲線、神經行為發育里程碑，發現喂養困難、黃疸消退延遲、異常嗜睡等癥狀時需及時復診。
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