藥物性肝損傷可能有后遺癥，但多數患者經規范治療后不會遺留長期損害。藥物性肝損傷的后遺癥風險與肝損傷程度、治療時機及基礎肝病等因素相關。
輕度藥物性肝損傷患者及時干預后通常預后良好，肝功能可完全恢復正常。這類情況多見于對乙酰氨基酚等藥物短期過量使用，及時停用肝毒性藥物并輔以護肝治療，肝臟自我修復能力較強，一般不會產生纖維化或慢性病變。部分患者可能出現短暫性膽紅素升高或轉氨酶波動，但3-6個月內多能逐漸恢復。
中重度肝損傷可能遺留肝纖維化、脂肪變性等結構性改變。長期使用抗結核藥物或抗腫瘤藥物引起的肝損傷，若未及時控制，可能發展為藥物性肝硬化。免疫檢查點抑制劑等特殊藥物導致的自身免疫性肝炎樣損傷，少數患者會轉為慢性自身免疫性肝病。原有慢性乙肝、脂肪肝等基礎肝病患者，藥物性肝損傷后更易出現肝功能持續異常。
建議藥物性肝損傷患者定期監測肝功能指標，避免再次使用同類肝毒性藥物。日常需保持低脂高蛋白飲食，限制酒精攝入，適量補充維生素E等抗氧化劑。出現乏力、黃疸等癥狀時應及時復查，肝硬化患者需每3-6個月進行超聲和肝彈性檢測評估病情進展。
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