上海海洋大學教授陳良標、胡鵬團隊，在活體魚類胚胎中實現了單細胞新生RNA測序技術的系統優化和應用，首次實現對“合子激活”階段新轉錄基因的高靈敏度、高準確性檢測，打開了研究生命起源奧秘的新窗口，也為水產育種的基因精準設計提供了重要工具。相關研究近日發表于《自然-通訊》。
每個新生命的開始都經歷過一次“主權交接”，即從母親提供遺傳物質過渡到胚胎自主控制基因表達。這一過程被稱為“母源-合子轉換”，是胚胎發育中最關鍵的轉折點。然而，剛被激活的合子基因轉錄本數量極其稀少，常常被海量的母源RNA“淹沒”，使得傳統的測序技術很難“聽見”這些微弱卻至關重要的聲音。
研究團隊圍繞魚類胚胎模型，開展了系統性優化。通過對10種主流RNA化學轉化方法進行系統篩選，并在超過5萬個斑馬魚細胞中測試，研究團隊發現，基于mCPBA/TFEA 的“on-beads”轉化方案，能實現超過8%的T-to-C替換率，表現遠優于傳統“體內標記”方法。此外，研究人員在斑馬魚受精卵的一細胞階段顯微注射4-硫尿苷，實現了對合子新轉錄RNA的高效標記。
系列研究結果顯示，優化后的方法檢測靈敏度大幅提升，能在海量母源RNA背景下清晰捕捉新合子RNA信號，并精準區分母源和合子RNA。值得一提的是，研究團隊識別出多個此前未被報道的合子激活基因，并通過原位雜交實驗驗證了這些合子激活基因在整胚中的表達模式。
相關論文信息：https://doi.org/10.1038/s41467-025-61375-z
本文鏈接：科學家成功解碼魚類胚胎中的新生轉錄本http://www.sq15.cn/show-11-24239-0.html
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