先天性角膜營養不良通常可以治療，但無法完全治愈。治療方案主要有佩戴角膜接觸鏡、使用人工淚液、進行角膜移植手術、接受基因治療、配合營養支持等。
1、佩戴角膜接觸鏡
硬性透氣性角膜接觸鏡可矯正因角膜表面不規則導致的散光，同時保護受損的角膜上皮。適用于角膜基質層受累但未出現嚴重水腫的患者，需定期復查調整鏡片參數。
2、使用人工淚液
玻璃酸鈉滴眼液、羧甲基纖維素鈉滴眼液等能緩解眼表干燥癥狀。對于上皮型角膜營養不良患者，無防腐劑的人工淚液可減少角膜刺激，建議選擇單支包裝劑型。
3、角膜移植手術
板層角膜移植適用于病變未累及內皮層的患者，穿透性角膜移植用于全層角膜混濁病例。術后需長期使用環孢素滴眼液等抗排斥藥物，存在移植排斥風險。
4、基因治療
針對特定基因突變類型如TGFBI基因相關營養不良，正在研究的基因編輯技術可能未來應用于臨床。目前仍處于實驗階段，需通過遺傳咨詢評估可行性。
5、營養支持
補充維生素A、必需脂肪酸等營養素有助于維持角膜代謝。合并瞼緣炎患者需增加Omega-3攝入，但無法逆轉已形成的角膜混濁病變。
患者應避免揉眼等機械刺激，外出佩戴防紫外線眼鏡。定期進行角膜地形圖檢查監測病情進展，重度視力障礙者可申請低視力康復服務。注意保持環境濕度，睡眠時使用眼罩保護。合并青光眼或白內障需優先處理這些并發癥，兒童患者建議每三個月復查屈光狀態。所有治療均需在眼科醫生指導下個體化實施。
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